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Les scientifiques renomment les gènes humains pour empêcher que Microsoft Excel ne les interprète comme des dates
Le Comité HUGO en charge de la nomenclature publie un guide y relatif

Le , par Patrick Ruiz

236PARTAGES

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Les travailleurs de la filière génétique attribuent aux gènes humains des noms et des codes alphanumériques comme MARCH1 (Membrane Associated Ring-CH-Type Finger 1) encore connus sous le nom de symboles. Ces ensembles sont utilisés pour la coordination en matière de recherche dans le domaine. Problème avec Microsoft Excel dont on fait usage dans la sphère : le logiciel interprète les codes alphanumériques comme des dates, ce qui complique le travail des scientifiques. Le Comité HUGO en charge de la nomenclature vient à la rescousse avec un guide pour apporter réponse aux soucis avec le soft de la suite Office.


Excel est un géant dans le monde des tableurs et est régulièrement utilisé par les scientifiques pour suivre leurs travaux et même mener des essais cliniques. Toutefois, le problème avec le logiciel de la suite Office de Microsoft est que son paramétrage est à gérer avec précaution pour les applications scientifiques. Mal s’y prendre lors de cette étape peut mener à des corruptions des données. La situation a été mise en avant au sein d’une étude parue au cours de l’année 2016. Dans les chiffres, le cinquième de 3597 articles publiés ont été affectés par des erreurs en lien avec l’utilisation du tableur. Le Comité de nomenclature résume bien le problème dans une vidéo et indique la procédure de prise en main de bases de données susceptibles d’être corrompues du fait d’un mauvais paramétrage du logiciel.


La publication de la nouvelle nomenclature intervient pour sa part dans le but de résoudre le problème à la base, c’est-à-dire, lors de l’importation des données. Les symboles susceptibles d’être interprétés comme des dates du fait du formatage automatique d’Excel se sont donc vu renommer en conséquence : MARCH1 devient MARCHF1 ; SEPT1 devient SEPTIN1 ; etc. Si le guide n’a fait l’objet de publication que récemment, il faut dire que le travail est en cours depuis un moment. Le Comité de nomenclature rapporte avoir procédé à la modification des symboles d’une trentaine de gènes au courant de l’année précédente.


À la réalité, les généticiens ne sont pas les seuls à être affectés par ce comportement du logiciel de la suite Office de Microsoft. Quelle que soit la branche de métier de laquelle on est issu (développement d’applications informatiques, sciences des données, etc.), le constat général est qu’Excel transforme en date toute donnée interprétable de la sorte ; c’est le comportement par défaut du logiciel. D’avis d’observateurs, le formatage automatique des données en date devrait être optionnel.


Une autre approche pour Microsoft serait de prendre en compte les retours des professionnels de divers corps de métiers. La manœuvre permettrait de mettre sur pied des profils correspondant à des paramétrages adaptés à chaque cas d’utilisation du logiciel.

Source : HGNC

Et vous ?

Vous arrive-t-il de faire face à avoir à contourner le formatage automatique de données en dates sous Excel ? Comment vous y prenez-vous ?
Quels outils alternatifs à Excel utilisez-vous pour des besoins similaires ?
Partagez-vous l’avis selon lequel Microsoft devrait rendre ce comportement optionnel ?

Voir aussi :

Microsoft Excel se dote de XLOOKUP, une nouvelle fonction de recherche pour résoudre les nombreuses limitations de VLOOKUP et HLOOKUP
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Avatar de dragonofmercy
Membre régulier https://www.developpez.com
Le 07/08/2020 à 9:02
Donc si je comprend bien, ils renomment des gènes car ils ne savent pas changer les formats de cellules de Excel (Texte par exemple)...
Pourquoi faire simple quand on peut faire compliqué
31  0 
Avatar de el_slapper
Expert éminent sénior https://www.developpez.com
Le 07/08/2020 à 11:02
Citation Envoyé par SimonDecoline Voir le message
Au vu des commentaires, je comprends mieux pourquoi tout le monde méprise les informaticiens.
Donc en fait, Excel n'a pas de problème, ce sont juste ses utilisateurs qui sont des imbéciles.
D'ailleurs tous les gens qui vont au garage pour la vidange de leur voiture ou a la boulangerie pour acheter du pain, ce sont également des imbéciles car ce n'est vraiment pas compliqué a faire soi-même...
Non, mais demander 15 minutes à un informaticien de faire une macro embarquée qui fait ça - et se déclenche par exemple au lancement de l'EXCEL, ça ne me parait pas aberrant, quand même. C'est pas comme si les compétences EXCEL étaient introuvables sur le marché (surtout en cette période de vaches maigres). En comparaison, changer des tables de référence déjà présentes partout dans le monde, ça me parait être un chantier bien plus vaste, bien pus casse-gueule, et bien plus coûteux.
14  1 
Avatar de el_slapper
Expert éminent sénior https://www.developpez.com
Le 07/08/2020 à 14:12
C'est toujours plus rigolo, un débat, quand quelqu'un prend la position opposée.

Citation Envoyé par SimonDecoline Voir le message
C'est illustré dans la vidéo : apparemment quand ils téléchargent un csv, excel convertit les gènes en dates. Et ce n'est pas qu'une question de formatage, les données initiales ne semblent pas récupérables.
Encore une fois, Tu demandes à un gugusse de faire ça en open source, et basta. Quand je dis ça, c'est une macro simple qu encapsule ton import. Au lieu d'ouvrir directement le .CSV, tu fais deux clicks en plus pour ouvrir la macro, qui fait un import amélioré, et c'est terminé. Je te fais ça en une demi journée. Il y a des cadors dans le forum VBA EXCEL de DVP qui feront ça en moins d'une heure . Gratos. Tu mets en ligne. Tu communiques. Terminé.

Compare ça à l'alternative : remplacer tous ces trucs là dans toutes les bases de données génétiques du monde. Tu as déjà fait des migrations de données? Tu sais à quel point c'est casse-gueule et coûteux? C'est plus ça, qui me fait tiquer., d'ailleurs Si leur alternative était peu coûteuse, j'applaudirais. Mais c'est une usine à gaz horrible qui va les faire chier pendant des années. C'est ça qui me rend fou.

Après, le sous-débat sur l'excès d'automatisation d'EXCEL est intéressant. J'en ai souffert, moi aussi. Mais des solutions existent, elles sont peu coûteuses. Souvent, il suffit de poser la question sur un forum qui va bien. Et en quelques heures apparaissent plein de solutions qui font le boulot. Tu fais un peu d'ergonomie (pour que ton import taillé sur mesure dérange le moins possible les gens dans leurs habitudes), et c'est gagné.
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Avatar de stardeath
Membre expert https://www.developpez.com
Le 07/08/2020 à 19:56
je me demande bien quelle est l'utilisation la plus courante dans excel, rentrer des dates ou rentrer des gênes?
je dirai sans trop me tromper rentrer des dates, donc par défaut, microsoft a mis le formatage de date en standard et la possibilité de l'enlever en option secondaire ...

c'est assez marrant ce que les gens sont prêts à faire pour pouvoir critiquer microsoft ...
certains ici me confirment qu'ils n'ont pas la moindre idée de ce que c'est d'être "professionnel" de l'informatique, merci en tout cas, c'est grâce ( ) à vous qu'on est aussi mal vu
11  2 
Avatar de barmic
Membre actif https://www.developpez.com
Le 07/08/2020 à 9:03
Citation Envoyé par Gugelhupf Voir le message
qu'est-ce qui empêche les scientifiques d'utiliser une vraie base de données relationnelle par rapport à Excel ?
Le fait qu'ils n'ont pas besoin d'une base de données relationnelles, mais probablement plus de tracer des courbes et d'avoir une grande liberté de calcul et de partager ça facilement.

C'est dommage, je n'ai aucun doute que les développeurs de LibreOffice ou de Jupyter ce seraient fait un honneur de faire le nécessaire pour convenir à leur besoins.
10  2 
Avatar de transgohan
Expert éminent https://www.developpez.com
Le 07/08/2020 à 10:09
On est vendredi, c'est un joli article.

C'est quoi ces trolls sérieux... Changer le type d'une colonne c'est pas très compliqué...
11  3 
Avatar de halaster08
Expert confirmé https://www.developpez.com
Le 07/08/2020 à 10:22
Citation Envoyé par Patrick Ruiz Voir le message
Vous arrive-t-il de faire face à avoir à contourner le formatage automatique de données en dates sous Excel ? Comment vous y prenez-vous ?
Oui, j'utilise une manipulation incroyablement complexe, pas à la portée de n'importe qui et qui nécessite au moins 10 ans d'études poussée sur le logiciel pour la mettre en œuvre: je met la colonne au format texte avant d'y mettre des données

Quels outils alternatifs à Excel utilisez-vous pour des besoins similaires ?
Je propose d'utiliser à la place du papier et un crayon, pas de formatage automatique avec ça ! (enfin presque moi quand j'essaye il me met automatiquement la police "illisible")

Partagez-vous l’avis selon lequel Microsoft devrait rendre ce comportement optionnel ?
Mais c'est déjà optionnel ! Il suffit de savoir utilisé un minimum Excel
10  2 
Avatar de LeBressaud
Membre averti https://www.developpez.com
Le 07/08/2020 à 9:14
Donc en gros ils se plaignent de ne pas pouvoir désactiver le formatages auto. et affecter manuellement le format des cellules/colonnes/lignes alors que c'est précisément ce qu'ils devraient faire pour résoudre leur problème...
8  1 
Avatar de Neckara
Inactif https://www.developpez.com
Le 08/08/2020 à 0:14
A: Bon j'arrive pas à éteindre mon ordinateur.
B: T'as qu'à cliquer sur démarrer => Arrêter
A: Nan, mais je suis pas informaticien moi ! Je vais juste aller au disjoncteur pour couper l'électricité.
...
C: Mais quel est le con qui a coupé toute l'électricité du bâtiment ????

Je pense que cela résume parfaitement la situation.
7  0 
Avatar de Pierre Fauconnier
Responsable Office & Excel https://www.developpez.com
Le 08/08/2020 à 13:05
Citation Envoyé par Gugelhupf Voir le message
Je me rappelle d'un temps (Excel 2003) où il n'était pas possible d'insérer des données commençant par zéro dans les cellules (comme les numéros de téléphone français) et que l'outil était limité à 65536 lignes (actuellement 1 048 576 lignes), que des galères... qu'est-ce qui empêche les scientifiques d'utiliser une vraie base de données relationnelle par rapport à Excel ?
Il est depuis toujours possible d'insérer des numéros de téléphone commençant par 0 ou des codes postaux français dans Excel. Soit en faisant précéder la valeur du signe ', soit en formatant la cellule (ou la colonne) en texte. Faut quand même pas dire n'importe quoi. Lors de l'import d'un csv, on peut déterminer le format de chacune des colonnes et donc spécifier par exemple que la colonne du numéro de téléphone ou du code postal soit du texte.

Citation Envoyé par calvaire Voir le message
j'ai ce besoin et cela fait belle lurette que j'utilise plus excel pour ça.
une vrai base comme postgresql/cassandra ou autres relié à un Jupyter et/ou un grafana/kibana est 1000 fois mieux.

excel c'est bien pour un faire les comptes ou une petite base client chez une petite entreprise (boulangerie, auto école....) mais pas pour de l'analyse/traitement scientifique ou pour faire des formulaires en entreprise (franchement c'est horrible)
Qu'est-ce qu'il ne faut pas lire, quand même. Quand on ne connait pas un outil, on apprend à s'en servir au lieu de le critiquer. Ne plus utiliser un logiciel parce que l'on ne sait pas comment saisir du texte me semble être une solution extrême et te décrédibilise quelque peu, me semble-t-il.

Citation Envoyé par SimonDecoline Voir le message
Au vu des commentaires, je comprends mieux pourquoi tout le monde méprise les informaticiens.[...]
Quand on doit se servir d'un outil, on apprend à s'en servir. La façon de saisir des valeurs en chiffres qui ne sont pas des nombres s'apprend dans les deux premières heures la formation de base dispensée à quelqu'un qui n'a jamais pratiqué Excel. Alors que deux solutions existent, qui franchement ne sont lourdes ni à utiliser ni à retenir, Microsoft a inventé un truc horrible (notamment pour les codes postaux français) et apparemment, certains ici voudraient que, par défaut, le logiciel réagisse comme ils le souhaitent. Il y aura toujours des mécontents, et je constate que, comme d'habitude, ceux qui critiquent le plus l'outil sont probablement ceux qui le connaissent mal.

Citation Envoyé par Guntha Voir le message
D'accord avec SimonDecoline, c'est la machine qui doit s'adapter à l'humain, pas l'inverse.[...]
Franchement! Si vous voulez utiliser un tour à bois, vous acceptez de vous former ou vous attendez que le tour à bois s'adapte à votre incompétence?

Citation Envoyé par gil203 Voir le message
N'ont qu'a utiliser LibreOffice Calc ...
Si je saisis 07120 comme code postal, calc va par défaut, comme Excel, supprimer le 0. Vous en avez encore beaucoup, des réponses comme cella-là?

Citation Envoyé par SimonDecoline Voir le message
Bah on est plutôt d'accord alors, à ceci près que je ne trouve pas leur solution si délirante. C'est effectivement un peu extrême mais à terme ils ne seront plus embêtés, plutôt que de continuer à attendre pendant des années que excel veuille bien leur fournir une solution, peut-être...

Quant aux commentaires du style "ah les nuls, il suffit juste de faire clic-droit + enregistrer sous, puis de lancer excel, puis de faire fichier importer, puis de retrouver le fichier, puis de régler les options d'import, puis de cliquer ok"... comment dire ...
A nouveau, il suffit de connaître un minimum de l'outil. L'import CSV dans Excel, ça se règle en trois étapes et à la deuxième, on peut préciser le type des données par colonnes. Il faut juste retenir par où commencer et l'assistant d'importation t'assiste pour le reste. Ca a beau être trolldi, faut pas trop de mauvaise foi quand même La réponse à ce "problème" est apportée par Excel depuis qu'Excel existe.

Citation Envoyé par Guntha Voir le message
On demande à des généticiens d'être bon en génétique, pas de connaître Excel sur le bout des doigts[...]
Savoir saisir une donnée dans une cellule, ce n'est pas "devoir connaître Excel sur le bout des doigts". C'est approché dans les premières minutes d'une formation de base sur Excel. C'est un peu comme quand on achète une nouvelle voiture et que le concessionnaire vous indique comment la mettre en marche et quelle est la commande des clignotants. Pas besoin de connaître la mécanique automobile sur le bout des doigts.

Citation Envoyé par tarassboulba Voir le message
[...]
Outils alternatifs ? N'importe quel tableur non produit par cet éditeur.[...]
C'est pas comme si des tableurs "libres" OOo ou libreoffice existaient...[...]
Marrant! Dans Calc de libre office, si je saisis mars 01, ton outil alternatif non produit par cet éditeur me convertit ma saisie en 01/03/2001... Comme quoi, ça ne sert à rien de taper sur Microsoft et de vanter les alternatives, elles font pareil...

Citation Envoyé par Patrick Ruiz Voir le message

Une autre approche pour Microsoft serait de prendre en compte les retours des professionnels de divers corps de métiers. La manœuvre permettrait de mettre sur pied des profils correspondant à des paramétrages adaptés à chaque cas d’utilisation du logiciel.[...]
N'importe quoi. 5 minutes de formation à l'outil permettent d'évacuer le problème soulevé. Permettre des paramétrages personnalisés est une solution qui serait pire que le "problème" qui n'en est pas un.

Plus sérieusement, c'est quoi cette info à part ouvrir une voie royale à celles et ceux qui se prélassent dans la critique de Microsoft? On se croirait le premier avril tellement c'est gros, cette info. Je propose qu'on demande à macron de renuméroter les codes postaux pour qu'on puisse les saisir facilement dans Excel. J'ai plus que des doutes sur le fait que les mecs qui étudient ces données connaissent aussi mal un tableur. Franchement. C'est Trolldi?
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